L’unione dei Canonici Regolari di San Secondo con gli Eremiti di Sant'Agostino del monastero di Sant'Ambrogio, avvenuta fin dal 1413, portò a San Secondo stabilità economica e una rinnovata famiglia religiosa: infatti è nel Cinquecento che la Canonica eugubina iniziò a godere uno tra i momenti più interessanti della sua storia. Le notizie relative alla biblioteca sono un po’ incerte e lacunose per le varie soppressioni governative che vi furono nei confronti degli ordini religiosi e senza dubbio due tra quelle più importanti furono la soppressione napoleonica (1810) e quella sabauda (1866). Prima del 1810, nel Settecento, almeno due Canonici redassero il catalogo di tutti i libri esistenti nella Canonica di San Secondo: si produsse un manoscritto in ottavo di fogli 35, mancante delle pagine 13 e 14, probabilmente incompleto. I 612 volumi furono classificati secondo un determinato canone: Autori greci (45 volumi); Filosofi (83); Oratori (32); Vite dei Santi (21); Autori di lettere (7); Poeti (31); Medici (7); Moralisti (68); Scrittori di spiritualità (58); Storici (68); Predicatori (135); Sacri Espositori (57). La biblioteca raccoglieva inoltre opere di letteratura latina, greca e araba con relative grammatiche e vocabolari, varie edizioni della Bibbia, commentari dei Salmi, dizionari geografici, volumi di medicina, testi di apologetica e molte opere relative alla predicazione. Oltre a ciò, sono presenti l’opera omnia di Tommaso da Kempis, quella di Sant’Alfonso dei Liguori , varie opere dell’eugubino Paolo Beni e il volume “Fabbrica degli orologi solari” del Canonico Regolare Valentino Pini. Non tutti i volumi sopra indicati sono ad oggi rintracciabili nell’attuale biblioteca. Con molta probabilità, quando nel 1802 si iniziò ad avere sentore della soppressione dei monasteri, i religiosi rimasti, dovendo riparare presso le proprie famiglie, portarono con sé qualche volume della biblioteca, come legame spirituale con i confratelli. Attualmente, la Biblioteca “Agostino Steuco” dei Canonici Lateranensi di Gubbio custodisce 18037 volumi ed è costituita da cinque Fondi: quelli di San Secondo, San Giuseppe, San Pietro in Vincoli, Sant’Andrea di Vercelli, dei Canonici Regolari Lateranensi, ed il costituendo Fondo De Gregori.