La chiesa-museo si trova nel borgo di Corciano, appena fuori le mura della città. La tradizione vuole che la chiesa sia stata eretta già nel 1223 per ricordare e celebrare il passaggio di San Francesco d'Assisi a Corciano nel 1211, di ritorno dall’Isola Maggiore del Lago Trasimeno. Molto probabilmente, invece, la chiesa fu eretta alla fine del XIII, visto che il primo documento che la menziona risale al 30 settembre del 1300. Al suo interno è possibile ammirare alcuni affreschi databili tra la fine del XIII secolo e gli inizi del XIV secolo, oltre che a opere di interessanti artisti come Orlando Merlini, Benedetto Bandiera, Lorenzo Sinibaldi, Giovanni Antonio Scaramuccia e Giuseppe Laudati. Sopra l’altare è posizionata una tavola sagomata a croce, risalente all’XI secolo. Su di essa, a più riprese, fu dipinta l’immagine di Cristo tra San Giovanni Evangelista e la Vergine. L’esame condotto dalla Soprintendenza, infatti, ha evidenziato, sulla superficie pergamenacea, tre strati pittorici: il più antico risalirebbe alla prima metà del Trecento, il successivo al tardo manierismo ed il terzo al XIX secolo.
Sotto il pavimento della chiesa sono ricavate 21 tombe familiari chiuse da lastre tombali dove sono riprodotti gli stemmi delle più importanti famiglie corcianesi. La chiesa è oggi sede di eventi ed esposizioni temporanee