Il convento di San Francesco a Stroncone è situato poco fuori dalle mura cittadine. Secondo la tradizione, fu fondato nel 1213 da San Francesco in occasione di una sua visita a Stroncone nel luogo in cui esisteva una piccola edicola della Madonna, cui il popolo era molto devoto. Altri sostengono, invece, che il Convento sorse subito dopo la morte di San Francesco. L’edificio duecentesco era dedicato a Santa Maria e solo nel 1550 prese il nome del Santo di Assisi.
Il convento è stato un centro di studi teologici, storici ed eruditi: vi hanno abitato i santi Bernardino da Siena, Giacomo della Marca, Giovanni da Capestrano. Il fervore per gli studi ha portato alla costituzione di una biblioteca che, arricchitasi negli anni grazie a numerosi lasciti e donazioni, custodiva una fra le più ricche raccolte francescane in Umbria. Grazie alla posizione di isolamento del piccolo convento, molti testi sono rimasti nella loro antica collocazione e ancora oggi è possibile ammirare una biblioteca ricca di volumi e pergamene dal XV secolo a oggi.
Si accede alla chiesa da un portale lapideo del XV secolo. L’interno è a due navate, una maggiore e una minore, lungo le quali ci sono per lo più opere realizzate tra il XV e il XVII secolo. All’esterno si trovano due cappelle: quella di Sant’Antonio da Padova, affrescata nel 1509 da Tiberio d’Assisi, e quella di Sant’Antonio abate con la statua del Santo e, intorno e sulla volta, storie della sua vita.