Istituito nel 1898 da un gruppo di notabili locali, il museo è, nella sua tipologia, il più antico in Italia. Dal 1998 è ospitato nel trecentesco convento di San Francesco, interamente restaurato. Gli spazi espositivi coprono una superficie complessiva di 1700 mq suddivisa in 1200 di percorso e 500 destinata ai depositi. Al piano terra sono inoltre periodicamente allestite delle mostre temporanee ed una biblioteca specialistica in storia della ceramica, che contiene più di 1400 volumi. Il percorso si articola in quattordici sale, distribuite su tre livelli, e in un grande ambiente, adibito a deposito di materiali ceramici, attrezzato anche per attività di studio. Oltre ad una sezione archeologica, che offre un esemplificativo panorama delle principali produzioni di epoca antica in Italia e Grecia, il museo documenta in modo sistematico la produzione locale dal periodo medievale al Novecento. Di un certo interesse è la sezione della maiolica a lustro, tecnica che rese particolarmente famose le botteghe derutesi nel Cinquecento, nonché quella riguardante la produzione “compendiaria” del XVII secolo, caratterizzata da complessità decorativa e cromatica. Sezioni tematiche sono quelle dedicate alle ceramiche da farmacia, ricomposte nell’originale arredo di un’antica spezieria, ai cinquecenteschi pavimenti in maiolica e al nucleo di targhe votive, spesso ispirate a quelle del vicino santuario della Madonna dei Bagni. La peculiarità che rende unico il museo è la presenza di una torre metallica di quattro piani comunicante su tutti i livelli con l'edificio dell'ex convento; si tratta di un' imponente struttura riservata ai depositi, accessibile al pubblico e debitamente attrezzata per attività di studio.
Dal 2013 il percorso comprende anche l'area archeologica delle Fornaci di San Salvatore raggiungibile dal museo mediante un corridoio sotterraneo. Oltre ad un tratto delle mura medievali della fine del Duecento, al suo interno sono visibili una serie di ambienti pertinenti ad un impianto produttivo, attivo tra la fine del Duecento e gli inizi del Settecento.

Il Museo, da Maggio 2021, è stato arricchito dalla Collezione De Lucchi "Maioliche Deruta 2012", una serie di vasi di design disegnati appositamente dall'archistar Michele de Lucchi nel 2012.

Il Museo aderisce ai progetti UMBRIA BOX e UMBRIA TIME TRAVEL BOX.

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